תנא בן הדור השני[1], זכה לראות את בית המקדש ותיאר אותו במסכת מידות שחוברה על ידו [יומא טז, א; ירושלמי יומא ב, ב].
"שמעון בן עזאי אומר: מצאתי מגילת יוחסין בירושלים... וכתוב בה: משנת ר' אליעזר בן יעקב קב ונקי". ביאר רש"י: "קב - מדה קטנה, כלומר, במקומות מועטים הוא נזכר במשנה או בברייתא, ונקי - בכל מקום שנזכר הלכה כמותו" [יבמות מט, ב ורש"י שם].
אמרותיו "רבי אליעזר בן יעקב אומר: העושה מצוה אחת קונה לו פרקליט אחד, והעובר עבירה אחת קונה לו קטגור אחד. תשובה ומעשים טובים כתריס בפני הפורענות" [אבות ד, יג].
עולי הרגל ומקורות מקום מנוחתו בכפר חנניה[2]: מסע דפלסטינא, מכתב מר' מנחם ב"ר פרץ החברוני, איגרת יחוס האבות מאלמוני, יחוס הצדיקים.
"משם [משזור] כשלושה פרסאות לכפר חנין, שם ר' יעקב דמן כפר חנין ור' אליעזר בנו, כששים אמה בין שניהם, הוא ר' אליעזר בן יעקב קב ונקי". [תוצאות ארץ ישראל] "מצבות עתיקות אחדות מפארות את הכפר ההוא, והם של ר' יעקב דכפר חנן ושל בנו ר' אליעזר ועוד, עליהם השלום". [שבילי דירושלים] "בתחתית הכפר הסמוך לשם, קבר ר' יעקב איש כפר חנינא ועליו מצבה גדולה של אבן אחת ואילן אלה "מסך עליו. וסמוך (לו קבר) [לקבר] ר' יעקב ז"ל איש כפר חנינא – ציון של ר' אליעזר בן יעקב קב ונקי, ותוך המערה סתומה. ועל גבי המערה מצבה גדולה מאבן שלמה, ומפי המערה יוצא אילן אלה גדול עד מאד, סותם פי המערה ומסך עליה". [כת"י מוסקבה] "רחוק מעט ממקום ר' אבא חלפתא יש קבר ר' יעקב אביו של ר' אליעזר בן יעקב קב ונקי, ויש גל אבנים על קברו לציון. קרוב לו ר' אליעזר בנו במערה סתומה, ובית גדול בנוי לפניה, ושם נכנסים להתפלל. למעלה ממנו מערה, שם ר' חנינא בן עקשיא ותלמידיו. נכנסתי בתוכה להתפלל, ויש בה ה' כיפות, ובכל כיפה ה' קברים זה לפנים מזה, ויש לפתח המערה דלת של אבן לסגור". [רבי משה באסולה] "כפר ענן, בכפר בית הכנסת בנוי. ולצד דרום, על אם הדרך [בכת"י ב' על פרשת דרכים] שם ר' יעקב איש כפר חנניה ועליו אילני סנדיאן. ובסמוך שם בית חרב וסביבו בית החיים, ושם ר' אליעזר בן יעקב קב ונקי, ולמעלה ממנו ר' זכריא בן הקצב. וסמוך לכפר ר' חנניה בן עקשיא, ועליו ציון". [גלילות ארץ ישראל / איגרת הקודש (שבחי ירושלים; זכרון בירושלים)] "ותחת אילן סנדיאן קבור בה ר' יעקב, ותחת אילן בטנים ר' אליעזר בריה - קב ונקי. וקרוב לו ר' זכריא בן הקצב ור' חנניא בן עקשיא, ובמערה עצמות הגאונים ור' שמעון. ובבית החיים כמה רבנים וצדיקים אחרים". [איגרת מספרת יחסותא דצדיקיא] "ועל הדרך קבורת רבי יעקב איש כפר חנניה. ובסמוך, בבתי חיים, שם רבי אליעזר בן יעקב ורבי (זבדיה) [זכריה] הקצב ורבי חנניה בן עקשיא". [רבי משה חיים קאפסוטו] "הגענו לכפר גדול נקרא כפר ענן, והכפר בראש ההר. בשיפולי ההר מערה גדולה ויש לה פתח של אבן. ופתחנו ונכנסנו למערה, יש בה הארה גדולה ויש בה כמה קדושה. ויש בה חמישה כוכין, ובכל כוך ה' קברות. אמרו שזאת מערת רבי חנניא בן עקשיא. ובתוך הכוכין אבן גדולה, אמרו של רבנו חנניא והשאר תלמידיו, ואשתו קבורה עמו. ועשינו שם סליחות ותחנונים, וביקשנו רחמים על כל החברים והמחזיקים ועל כל בני הבית כלל ופרט. אחר כך הלכנו משם כמו רביע פרסה והגענו למערה אחת סתומה ויש לה חלונות, איכא דאמרי רבי אליעזר בן יעקב קב ונקי[3], ואיכא דאמרי רבי ישמעאל כהן גדול ואיכא דאמרי נביא, בין למר ובין למר - איש קדוש הוא". [איגרת אחד התלמידים לר' אברהם ישמעאל חי סנגויניטי (תלמיד האוה"ח)] "לצד (מערב) [מזרח] קבור ר' אליעזר בן יעקב קב ונקי ועליו ציון הקרוי בערבית 'מעסי'. לא הרחק משם קבורים ר' זכריה בן הקצב ור' חנניא בן עקשיא". [ידי משה] "ואצלו קבר רבי יעקב איש כפר חנניא, אבי רבי אליעזר בן יעקב, ואצלו מערה סתומה ובה קבר ר' אליעזר בן יעקב, ובית גדול לפניה ומתפללים בו. ולהלאה משם מערה ובה קבר ר' חנניה בן עקשיא ותלמידיו, ובה כיפות, ובכל כיפה חמשה קברים זה לפנים מזה". [שערי ירושלים (מבשרת ציון)] "[שם] מקום קבורת רבי יעקב איש כפר חנניא, ומקום קבורת בנו ר' אליעזר ובית גדול לפניה. להלאה משם מקום קבורת ר' חנניא בן עקשיא ותלמידיו, ובה כיפות, ובכל כיפה חמשה קברים זה לפנים מזה". [מסעות משה] "קבר ר' אליעזר בן יעקב קב ונקי ואביו ר' יעקב ואבא חלפתא ואשתו ובניו. ושם בהר בית הקברות ר' זכריה בן הקצב ותלמידיו, ר' יעקב איש כפר חנן ור' חנניא בן עקשיא". [טוב ירושלים]
גדולים צדיקים במיתתם ניסים ונפלאות על קברי הצדיקים "והגענו למערה אחת סתומה ויש לה חלונות. איכא דאמרי רבי אליעזר בן יעקב קב ונקי... ויש באותם החלונות מונידא של כאן מונחת, אין מי שיוכל ליגע בה. אמרו שהיה מעשה בגוי אחד שהניח שם פקדון ובא גוי אחר ופשט ידו בו וניבש שם עד בא אדוניו. וכן עוד היום מי שיש לו איזה פקדון והוא מפחד עליו, מניחו שם והולך ואינו מפחד עליו כלל. ויש על המערה חנית אחת. אמרו, כדי להודיע לעוברים ושבים שלא יפשוט שום אדם ידו במה שיש שם, ואם יפשוט - חנית תקועה על לבו". [איגרת אחד התלמידים לר' אברהם ישמעאל חי סנגויניטי (תלמיד האוה"ח)]
מיקום וזיהוי הקבר הבית הבנוי כיום יסודו על בית ישן שהיה מכונה אצל עולי הרגל 'בית תפילה' הבנוי לפני הקבר. בתוך הבית למטה מימין לכניסה יש בקירו הצפוני כמין כוך, זהו מכסה גלוסקמה שהיה בעבר ליד המבנה והוכנס אליו, ואולי אף ארון, אותו ארון שנראה במקום עד שנות השבעים של המאה הכ'. לאחר סיום המדרגות שבבית יש פתח לתוך מערת 16 כוכים שהיתה זמן רב סתומה. נראה כי היא מחוברת בפנים בצד שמאל לאותם שני 'חלונות' הנראים מחוץ לבנין ונזכרים אצל עולי הרגל, בהמשך השביל לכיוון ר' חנניה בן עקשיא, ולפיכך חלק מעולי הרגל ציינו את הבית, חלק את המערה הסתומה, וחלק את החלונות. עץ האלה [בוטם] אינו בנמצא, ובמקומו יש 2 עצי אלון מצוי. בשנת תרצ"ג עוד היתה ערימת עצים וענפים שהונחו בצל הקבר, לבל יהין איש לגונבם – המשך אותה מסורת על קדושת העצים.
[1] יש להבדיל בינו לבין רבי אליעזר בן יעקב השני שהיה תנא בדור הרביעי, מתלמידיו האחרונים של רבי עקיבא, חבירו ורבו של רבי מאיר.
[2] בפי הערבים: אבו אל-בית (= אבי הבית) – ראה להלן; לפי ר' משה ירושלמי: 'מעסי' (=עץ המיש). קברו של אביו ר' יעקב כונה: אבו זינה (= אבי היופי) – ראה להלן.
[3] כתב בלשון י"א לפי שמזכיר כמו"כ בחורבת שמע כי י"א שהקבר הגדול שבראש הכפר הוא קברו של ר"א בן יעקב.