תנא היה. מכיוון שעלה מבבל לארץ ישראל, כינו אותו 'רבי נתן דבבלאה' [גיטין סה, ב]. "כל אבותיו היו ראשי גולה בבבל" [סדר הדורות]. היה אב בית דין אצל רבן שמעון בן גמליאל וירד לעומק הדין: "אמר רבה, נקוט דרב נתן בידך, דדיינא הוא ונחית לעומקא דדינא" [בבא מציעא קיז, ב]. רבי נתן סידר את המשניות עם רבינו הקדוש [בבא מציעא פו, א]. "ועשה ספרים הרבה, כמו משניות ואבות דרבי נתן" [סדר הדורות]. "שעבודא דר' נתן" [שיכול אדם לגבות חובו ממי שחייב לבעל חובו] הוא כינוי שנתקבל בהלכה בעקבות פסקו בנושא. זכה לגילוי אליהו [גיטין ע, א].
אמרותיו "רבי נתן אומר: מום שבך אל תאמר לחברך" [בבא מציעא נט, ב]. "רבי נתן אומר: אין לך אהבה כאהבה של תורה, ואין לך חכמה כחכמה של ארץ ישראל, ואין לך יופי כיופיה של ירושלים, ואין לך עושר כעושרה של רומי, ואין לך גבורה כגבורה של פרס, ואין לך זנות כזנות של ערביים, ואין לך גסות כגסות של עילם, ואין לך חנופה כחנופה של בבל, שנאמר [זכריה ה, יא]: ויאמר [אלי] לבנות לה בית בארץ שנער. ואין לך כשפים ככשפים של מצרים" [אבות דרבי נתן נוסחא א כח]. "אמר רבי נתן: פעם אחת הלכתי לכרכי הים ובאת אשה אחת לפני, שמלה בנה ראשון ומת, שני ומת, שלישי הביאתו לפני. ראיתיו שהוא אדום, אמרתי לה: המתיני לו עד שיבלע בו דמו. המתינה לו עד שנבלע בו דמו, ומלה אותו וחיה. והיו קורין אותו נתן הבבלי על שמי. שוב פעם אחת הלכתי למדינת קפוטקיא, ובאת אשה אחת לפני, שמלה בנה ראשון ומת, שני ומת, שלישי הביאתו לפני. ראיתיו שהוא ירוק, הצצתי בו ולא ראיתי בו דם ברית. אמרתי לה: המתיני לו עד שיפול בו דמו. והמתינה לו, ומלה אותו וחיה, והיו קורין שמו נתן הבבלי על שמי" [שבת קלד, א]. ההלכה שלו השגורה בפי כל היא הנאמרת בכל יום בפיטום הקטורת: ר' נתן הבבלי אומר אף כיפת הירדן כלשהוא.
עובדות והנהגות בזמן נשיאותו של רבן שמעון בן גמליאל היה המנהג שכאשר רבן שמעון היה נכנס לבית המדרש היו כל העם קמים לכבודו, וכן כאשר היו רבי מאיר ששימש בתפקיד חכם ורבי נתן ששימש בתפקיד אב"ד נכנסים קמו גם לכבודם. רצה רבן שמעון להאדיר את כבוד הנשיאות ולקבוע הבדל בין התפקידים, ושנה בבית המדרש: "כשהנשיא נכנס כל העם עומדין וכו'", שם ניכר ההבדל בין כבודו של הנשיא לשל החכם והאב"ד [רש"י]. למחרת, כשבאו רבי מאיר ורבי נתן לבית המדרש ולא קמו לכבודם כבעבר מפאת תקנתו של הנשיא, אמר רבי מאיר לרבי נתן: נעשה לו כפי שעשה הוא לנו. אני חכם ואתה אב בית דין, הבה נבקש מהנשיא לדרוש במסכת עוקצין שאינה בידו בבית המדרש, וכשלא יוכל, נאמר לו: מי ימלל גבורות ה' ישמיע כל תהלתו [תהלים קו, ב], למי נאה למלל גבורות ה'? מי שיכול להשמיע כל תהלותיו, ונעבירו, ואהיה אני אב בית דין ואתה תהיה נשיא. שמע רבי יעקב בן קרשי ואמר בלבו: שמא חס ושלום יבוא הנשיא לידי כלימה. הלך וישב מאחורי מקומו של הנשיא ופירש, גרס ושנה, גרס ושנה. נתן רבן שמעון בן גמליאל את דעתו על המעשה וגרס את המסכת. למחרת אמרו לו: ישא ויתן מר במסכת עוקצין, וכך עשה. לכשסיים אמר להם: אילו לא גרסתי את המסכת אתמול הייתם מביישים אותי, ופקד שיוציאו אותם מבית המדרש. היו רבי מאיר ורבי נתן יושבים מחוץ לבית המדרש ומשגרים קושיות לתוך בית המדרש על גבי פתקים, ולכל קושיה שלא הצליח רבן שמעון לענות עליה היו משגרים גם את תירוצה בפתק. קם רבי יוסי ואמר: תורה מבחוץ ואנו מבפנים? נצא אנו אליהם או שיכנסו הם אלינו. פקד רבן שמעון והחזירו את הרבנים לבית המדרש, אך קנס אותם שלא יאמרו עוד הלכות בשמם, ומכאן ואילך נאמרו שמועותיו של רבי מאיר בשם 'אחרים אומרים', ושמועותיו של רבי נתן בשם 'יש אומרים' [הוריות יג, ב]. "אמנם כי אתם עם, ועמכם תמות חכמה [איוב יב, ב], אל תקרי תמות אלא תומת: כל זמן שחכם מתקיים – חכמתו מתקיימת, מת חכם – אבדה חכמתו עמו. וכן מצינו: משמת רבי נתן אבדה חכמתו עמו" [מכילתא יתרו ב].
עולי הרגל ומקורות מקום מנוחתו בדרך צפת – מירון, קרוב לחוצפית המתורגמן שנטמן ליד צפת בירידה לנחל עמוד ונחל שכוי[1]:
"בלכתך מצפת דרך צפון לגוש חלב, יש שם נחל מים הנקרא כארא"ל. ונראה לי שמימי ביריי"א ועין זייתו"ן יורדין בנחל ההוא. והנה בדרך הזה עצמו ההולך לגוש חלב, כשתתרחק מן הכרא"ל ת' אמות לצד צפון, בדרך הזה עצמו יש אבן אחת גדולה ארוכה, נטויה בצד הדרך הזה לצד שמאל, ושם תחתיה קבור ר' נתן הבבלי. ונראה לי שכבר הוציאו האבן הזו משם, ונאבד הסימן הזה". [ר' חיים ויטאל] "ויש (של) [שם] דרך מן צפת למירון, מהלך ג' שעות, והוא דרך עקום, הרים וגבעות גדולים. ואלו הם הצדיקים אשר פגענו בהם בדרך, דרך נסיעה למירון: בתחילה גל אבנים קבור נתן הבבלי עליו השלום". [איגרת אחד התלמידים לר' אברהם ישמעאל חי סנגויניטי (תלמיד האוה"ח)] "בדרך ההולך מצפת לגוש חלב יש נחל מים הנקרא כראל, ורחוק ממנו ת' אמה יש אבן גדולה וארוכה, ותחתיה קבור ר' נתן הבבלי". [בשינויים קלים: שערי ירושלים; מבשרת ציון]
דרכי גישה מציון ר' חוצפית המתורגמן ממשיכים צפונה לכיוון צומת עין זיתים, לאחר כ-800 מטר משמאל לדרך יש שביל קטן כ-200 מטר לתוך מטע הזיתים [יש לעבור את הגדר] - ציון ר' נתן הבבלי. [בכביש 89: כ-2 ק"מ מהכניסה לצפת לכיוון צומת עין זיתים, וכ-1 ק"מ מצומת עין זיתים].
מיקום וזיהוי הקבר נחל כרא"ל מסומן במפות העתיקות ונקרא 'כרא"ר'. אכן הוא מרכז מים מביריה מעין זיתים ומעוד שלוחות של נחלים קטנים. חלקו התחתון שמתחבר לנחל עמוד נקרא כיום נחל שכוי. הדרך העתיקה ההולכת מצפת לגוש חלב ולמירון, עוברת מתחת לבית הקברות, חלקה משמש כיום לכביש החדש שמתחת לצפת, וחלקה ממשיך משמאל לכביש. נחל הכרא"ל פונה ימינה [מזרחה] לכיוון ביריה ועין זיתים, ובפניה זו הדרך חוצה אותו. מאתיים מטר צפונה מאותה חצייה, משמאל לדרך, ישנו סלע שטוח, מוטה, ועליו גל אבנים עתיק. בדיוק שני התיאורים של רבי חיים ויטאל ומסע תלמיד האור החיים מתגלים לנגד עינינו בצורה ברורה. [כנראה שלשונו של רח"ו 'ונראה לי' נקבעה משמועה ששמע מאדם שהלך לשם ולא הוא עצמו, ולכך לא היה ודאי הדבר אצלו].
[1] אמנם, ישנה גירסה שלפיה נטמן בפומבדיתא, או שמא הוא ר' נתן אחר: "בפומבדיתא נקבר ר' נתן". [מסעות ר' בנימין; גלילות ארץ ישראל / איגרת הקודש]